Un Ju-86 de la unidad de bombardeo experimental de la Legión Cóndor, a mediados de 1937.
El Ju-86 es de la misma quinta que el Do-17 y el Heinkel-111. Estos tres aviones fueron diseñados como grandes bimotores rápidos reuniendo el estado del arte de la aviación de su época, a mediados de la década de 1930. Fue en esos años cuando se produjo la segunda «explosión cámbrica» de la aviación, que pasó de estructuras arriostradas a perfiles aerodinámicos limpios. El Ju-86 abandonó la chapa corrugada del Ju-52 y sus antecesores y se convirtió en un biplano de grandes alas terminadas en punta y fuselaje de estilizadas líneas. Los motores, empero, tenían unos grandes y angulosos radiadores inferiores.
La explicación estaba en otra innovación Junkers, el motor diesel para aviación, por aquella época apenas ensayado en algunos aviones pequeños. La división de motores de Junkers (Jumo) había conseguido fabricar el primer diesel aéreo de gran potencia. Este motor era incomparablemente más eficiente en litros de combustible por milla que los de gasolina, y además no necesitaba costosa gasolina de aviación, sino que podía funcionar con aceite pesado. Además, tenía menos piezas que el motor de explosión convencional y necesitaba menos atención y tiempo de reparaciones. Por el lado malo, era más pesado por unidad de potencia que el motor de gasolina, mucho más lento en responder a los mandos, vibraba estrepitosamente y arrojaba densas nubes de humo negro por el tubo de escape.
Habría sido muy bueno para dar a Lufthansa un avión de pasajeros económico de largo radio de acción, pero en lugar de eso el avión fue convertido en bombardero. Como toda su generación de aviones, se enviaron unos cuantos ejemplares a España para ver como se portaban en situación de guerra de verdad. Mientras que el He-111 y el Do-17 funcionaron muy bien en España, el Ju-86 fue un desastre. Solo se enviaron cinco Ju-86 a la unidad de «bombardeo experimental» de la Legión Cóndor, de los que dos se perdieron pronto. El avión resultaba lento y tardaba mucho en responder a los mandos –cosa muy peligrosa en la guerra, que exige reacciones rápidas a las amenazas– y a los motores les faltaba rodaje. En pocos meses el Ju-86 pasó de moderno a obsoleto. Los que quedaron pasaron a manos de la Aviación Nacional y alguno sobrevivió hasta el final de la década de 1940.