Un IPTN CN-235 de Merpati Nusantara a finales de la década de 1990.
Merpati hizo en Indonesia un papel parecido a Binter Canarias en España por lo que respecta al uso del CN-235. Ambas compañías lo usaron algo a regañadientes y terminaron sustituyéndolo por otros modelos más apropiados para el transporte aéreo regional, los ATR en el caso de la compañía canaria y el Xian MA60 en Indonesia. El CN-235, que ha obtenido éxito en el mercado militar, no se ha consolidado en el mercado civil. Los operadores lo consideran demasiado pesado, ruido e incómodo para operaciones comerciales.
Merpati Nusantara fue creada a comienzos de la década de 1960 por el gobierno indonesio, que necesitaba una aerolínea doméstica para conectar el enorme archipiélago en que se desparrama el país, por lo que en 1962 se quedó con los activos de Kroonduif, la aerolínea colonial de la Nueva Guinea Oriental. El motivo en forma de arco múltiple pintado en la cola de sus aviones alude a esta función de puente aéreo entre los distantes territorios indonesios. Desde 1962 hasta 2014 Merpati ha volado una numerosa y diversa flota de aviones, que incluyó el CN-235 entre otras razones por ser de fabricación nacional, un proyecto conjunto de CASA (Construcciones Aeronáuticas, SA) e IPTN (Industri Pesawat Terbang Nusantara, actualmente Indonesian Aerospace). La aerolínea cesó sus operaciones en 2014 . En julio de 2018 se informó que su deuda no ha podido ser “reestructurada” y que no puede todavía retomar sus operaciones.
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